Le département Microbiologie et Chaîne Alimentaire de l’Inra gagne un an de développement

Dans le cadre d’un vaste projet européen destiné à lutter contre les maladies intestinales et l’obésité, le laboratoire de Génétique Microbienne de l’Inra a testé Windows HPC Server 2008 sur un cluster Dell PowerEdge 2950. Objectif : développer des applications clés en main pour les biologistes et gagner en productivité dans l'analyse des données issues du séquençage de la flore intestinale humaine.

Témoignage

"Rapidité de développement, performance, ergonomie, nous disposons d’une architecture matérielle et logicielle qui va nous aider dans le traitement des données", explique Jean-Michel Batto, responsable du centre d’automatisation du traitement de l’information (CATI) de la Génétique Microbienne à l’Inra.

Le 11 avril 2008, est lancé le projet européen MetaHIT (METAgenomics of the Human Intestinal Tract), à l’Inra. Son objectif est de caractériser les gènes et les fonctions bactériennes de la flore intestinale et d'étudier les effets de ce métagénome sur l’obésité et les maladies inflammatoires de l’intestin dans différentes conditions d'alimentation et de santé. C’est aussi un défi technologique, nécessitant une mobilisation internationale. C’est dans ce contexte que ce CATI a pu tester les possibilités de Windows HPC Server 2008. Une première pour ce département de recherche habitué à travailler dans un environnement Open Source.

Problématique

Afin de gagner en productivité dans le séquençage des gènes de la flore intestinale, l’Inra réalise le traitement des données sous Windows HPC Server 2008. Cette solution lui permet, en outre, de favoriser l'exploitation de ces données et de développer des applications clés en main pour les bioinformaticiens.

Bénéfices

Outre sa simplicité de développement et les gains de temps relevés au niveau développement, Windows HPC Server améliore la productivité des équipes de recherche de l’Inra. De plus, cette solution est interopérable avec les outils bureautiques utilisés par l’Inra et optimise l’espace grâce à une architecture blade. Enfin, l’Inra souligne l’ergonomie de l’interface pour le pilotage du cluster Dell sur lequel Windows HPC Server a été mis en œuvre.

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