O Internet Acceleration and Security (ISA) Server 2006 é baseado na versão anterior do ISA Server, assim como nas tecnologias presentes no Microsoft Windows Server, a fim de fornecer um firewall robusto, efetivo e fácil de usar. Existem duas versões disponíveis do ISA Server 2006: Standard Edition e Enterprise Edition.
Confira abaixo a tabela comparativa que destaca os recursos das duas edições.
| Recurso | Standard Edition | Enterprise Edition |
| Escalabilidade | ||
Redes | Ilimitada |
Ilimitada |
Escalabilidade Vertical | Até 4 CPUs, 2 gigabytes (GB) de RAM | Ilimitada (por sistema operacional) |
Escalabilidade Horizontal | Único servidor | Até 32 nós via Balanceamento de Carga de Rede (NLB) |
Caching | Armazenamento único de servidor | Ilimitado (pelo Cache Array Routing Protocol [CARP]) |
| Disponibilidade | ||
Suporte ao Balanceamento de Carga de Rede (NLB) | Não suportado | Sim (integrado) |
| Gerenciamento | ||
Diretivas | Local | Diretivas de matrizes e de negócios que usam o Modo de Aplicação do Active Directory (ADAM) |
Escritório Remoto | Pela importação e exportação manual da diretiva | Diretivas de níveis empresarial e matricial |
Monitoramento/alerta | Único console de monitoramento de servidor - Management Pack do Microsoft Operations Manager (MOM) | Console de monitoramento de múltiplos servidores - Management Packs do MOM |
Redes Múltiplas | Modelos | Modelos |