Um recurso-chave de segurança das edições Business, Enterprise e Ultimate do Windows Vista, o Sistema de Criptografia de Arquivos é útil para a criptografia de arquivos e pastas no nível do usuário. Por exemplo, se dois usuários estiverem compartilhando um computador, um administrador poderá usar o Sistema de Criptografia de Arquivos para criptografar dados de cada usuário, para não disponibilizá-los para o outro. Na criptografia de arquivos e pastas da rede, o Windows Vista melhora o gerenciamento do Sistema de Criptografia de Arquivos, permitindo que os administradores armazenem chaves desse sistema em smart cards.
Os administradores de TI podem usar a Política de Grupos no Windows Vista para bloquear o uso de dispositivos de armazenamento removíveis, como unidades flash USB e discos rígidos externos, para ajudar a evitar o comprometimento ou o roubo de propriedade intelectual corporativa e dados confidenciais.