Eine der Kern-Sicherheitsfunktion in den Windows Vista-Editionen Business, Enterprise und Ultimate ist das verschlüsselnde Dateisystem (Encrypting File System, EFS), welches auf Benutzerebene das Verschlüsseln von Dateien und Ordnern ermöglicht. Verwenden beispielsweise zwei Anwender denselben Computer, kann der Administrator mithilfe des verschlüsselnden Dateisystems die Daten der Benutzer einzeln verschlüsseln, so dass diese für den jeweils anderen unerreichbar sind. Für Dateien und Ordner, die im Netzwerk liegen, erweitert Windows Vista das verschlüsselnde Dateisystem um die Möglichkeit, dass Administratoren den Schlüssel respektive das EFS-Zertifikat auf Smart-Cards abspeichern können.
IT-Administratoren können anhand der Gruppenrichtlinien von Windows Vista auch die Nutzung von Wechselspeichermedien wie USB-Speichersticks und externen Festplatten, unterbinden. Damit verhindern sie die Gefährdung oder den Diebstahl von sensiblen Daten und geistigem Eigentum des Unternehmens.
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