Il rimborso potrebbe però essere dovuto anche all'erronea applicazione del regime ordinario in luogo di quello sostitutivo. Nel mutuo ipotecario oltre all'imposta di registro in misura fissa, è dovuta anche l'imposta ipotecaria, nella misura proporzionale del 2%, per l'iscrizione di ipoteca. Per quanto riguarda l'imposta di registro, l'istanza di rimborso dell'imposta di registro deve essere presentata direttamente all'ufficio che ha eseguito la registrazione, vale a dire l'ufficio locale dell'Agenzia delle entrate cosi come previsto dall'art. 77 del dpr 24 aprile 1986, n. 131. In questo caso, come specificato dalla Corte di cassazione, con sentenza del 6 maggio 2005, n. 9440 «… l'obbligazione tributaria sorge tra l'amministrazione finanziaria e i soggetti, ai quali, per relazione di imputazione, si ricollega il presupposto impositivo, come manifestazione di capacità contributiva. In correlazione all'obbligo che le parti contraenti hanno di corrispondere l'imposta, sorge in capo alle stesse il diritto a una corretta quantificazione della somma oggetto della prestazione tributaria e il conseguenziale diritto di chiedere il rimborso dell'imposta indebitamente corrisposta.». Legittimati a chiedere il rimborso dell'imposta di registro sono quindi in ultima analisi le stese parti contraenti. Deve essere presentata direttamente dai contribuenti che hanno corrisposto l'imposta ipotecaria indebitamente versata l'istanza di rimborso all'ufficio locale dell'Agenzia del territorio: è importante sottolineare che i soggetti passivi tenuti al pagamento delle imposte di registro e ipotecaria sono legislativamente (art. 57 del dpr 131/86 e 11 del dlgs 347/90) vincolati da un rapporto di solidarietà. Dal vincolo di solidarietà deriva che, secondo quanto stabilito dall'art. 1298 c.c. che nei rapporti interni l'obbligazione in solido si divide tra i diversi debitori o tra i diversi creditori, salvo che sia stata contratta nell'interesse esclusivo di alcuno di essi. Le parti di ciascuno si presumono uguali, se non risulta diversamente. Dovendosi quindi l'onere economico ripartirsi tra gli obbligati, nell'ipotesi in cui «una delle parti abbia chiesto la registrazione (…) e abbia pagato la relativa imposta, ovvero l'abbia pagata per esserne stata richiesta dall'ufficio, essa ha diritto a ripeterla in tutto o in parte dall'altra (art. 1298 cod. civ.): diritto che deriva all'obbligato di imposta dalla congiunta applicazione delle norme tributarie e civili ed è fatto valere con l'azione di regresso (art. 1299 cod. civ.)…» (Cass. 18 dicembre 1996, n. 11324). L'istanza di rimborso delle imposte di registro e ipotecaria indebitamente versate in conseguenza dell'operazione di mutuo, soggetta, invece, al regime sostitutivo di cui al dpr n. 601/73 potrà essere presentata sia dai mutuatari che dai soggetti eroganti.
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