La richiesta di rimborso dell'imposta sostituiva sui mutui pagata in misura maggiore dell'aliquota prevista deve essere effettuata dall'ente erogatore del mutuo e non dal contribuente che ha pagato l'imposta.

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Il rimborso potrebbe però essere dovuto anche all'erronea applicazione del regime ordinario in luogo di quello sostitutivo. Nel mutuo ipotecario oltre all'imposta di registro in misura fissa, è dovuta anche l'imposta ipotecaria, nella misura proporzionale del 2%, per l'iscrizione di ipoteca.