比較 Exchange Server 2003 可以使用的 Microsoft Exchange Server 5.5 與 Exchange 2000 Server 中的功能，比較的領域包括：
| 伺服器 |
| 網際網路通訊協定安全性 (IPSec) 支援前端和後端叢集 |
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| 使用 Outlook 2003 遠距 Kerberos 驗證 (需要 Microsoft Metadirectory Service [MMS] 和 Outlook 2003) |
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| 簽章的輕量目錄存取通訊協定 (LDAP) 要求 Active Directory® 目錄服務 |
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| 前端和後端 Kerberos 驗證 |
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| Internet Information Services (IIS) 6.0 安全性和專用應用程式模式 |
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| 電子郵件 |
| 僅限已驗證使用者使用的通訊群組清單 |
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| 即時安全和封鎖清單 |
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| 傳入收件者篩選 |
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| 進階垃圾電子郵件郵件篩選和保護 (需要 Outlook 2003) |
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| Virus Scanning API 2.5 (需要協力廠商防毒軟體) |
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| Microsoft Office Outlook Web Access 中的附件封鎖 |
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| 針對不明的使用者的公用資料權限改良功能 |
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| 限制提交改良功能 |
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