MBSA 和 Windows Update (WU) 使用不同的方式來分析系統。舉例來說,WU 只提供 Windows 作業系統的重要修補程式,而 MBSA (與 HFNetChk) 則會報告 Windows 作業系統以及其他 Microsoft 產品 (例如 SQL Server) 所缺少的 Hotfix。
有時候,部分的 Hotfix 會重新發行,例如 MS02-008 與 MS02-009。MBSA 會確保您安裝在系統上的修補程式是最新的版本。如果您安裝的是 MS02-008 或 MS02-009 Hotfix 的原始版本,MBSA 會指出以上的 Hotfix 沒有安裝,因為它們有較新的版本。然而,Windows Update 可能不會指出有較新的版本可以安裝,因為它會尋找系統上的不同項目來辨識系統上是否有這個修補程式。Microsoft 正在尋找這種不一致的解決方法,讓 HFNetChk/MBSA 工具、Windows Update、Microsoft Software Update Services 以及 SMS 安全性修補程式管理使用相同的規則,判斷 Windows 系統上是否有某個修補程式。這樣可以確保所有客戶在使用最符合需求的工具時,彼此保持一致性。同時,也建議使用者檢視安全性公告,查看 MBSA 指出沒有安裝 (但可能已經安裝) 的修補程式,以確保安裝了最新版本的程式。