Mit Hilfe der Protokollierung von Transaktionen und der Wiederherstellung wird beim NTFS-Dateisystem sichergestellt, dass die Datenträgerstruktur nicht beschädigt wird. Auf diese Weise stehen alle Dateien auch nach einem Systemausfall weiterhin zur Verfügung. Beim NTFS-Dateisystem wird außerdem die Cluster-Neuzuordnung als Technik zur Wiederherstellung eingesetzt. Wenn Windows 2000 einen Fehler hinsichtlich fehlerhafter Sektoren an das NTFS-Dateisystem zurückgibt, ersetzt NTFS dynamisch die Cluster-Festplatte, auf der sich der fehlerhafte Sektor befindet, und weist den Daten einen neuen Festplattencluster zu. Tritt der Fehler bei einem Lesevorgang auf, gibt NTFS einen Lesefehler an das aufrufende Programm zurück, und die Daten gehen verloren (sofern sie nicht durch RAID-Fehlertoleranz geschützt sind). Bei einem Fehler während eines Schreibvorgangs schreibt NTFS die Daten auf den neuen Festplattencluster; in diesem Fall gehen keine Daten verloren. NTFS übernimmt die Adresse des Festplattenclusters, auf dem sich der fehlerhafte Sektor befindet, in die Datei mit den fehlerhaften Sektoren, so dass der betreffende Cluster nicht mehr genutzt wird.
Trotz der Protokollierung von Transaktionen und der Festplattencluster-Neuzuordnung können Daten aufgrund eines Hardwarefehlers verloren gehen, wenn Sie keine fehlertolerante Festplattenlösung einsetzen.