Han pasado dos años desde nuestra última visita a la familia Little, y el valeroso y pequeño héroe Stuart Little (doblado por Michael J. Fox en la versión en inglés) se ha asentado bien en su nueva vida. Entonces una misteriosa pajarita cae literalmente del cielo, presentándose a sí misma como Margalo (con la voz de Melanie Griffith), y contándole que es perseguida y aterrorizada por Falcon (voz de James Woods). La pajarita se traslada con los Little, para disgusto de Snowbell (voz de Nathan Lane), el cascarrabias felino de la familia. Pero Margalo oculta un oscuro secreto, y cuando desaparece misteriosamente la insólita pareja formada por Stuart y Snowbell emprende un apasionante y escalofriante viaje para encontrar su paradero y desentrañar el misterio. Desconocen por completo los peligros que les esperan, todo cuanto Stuart sabe es que tiene que encontrar la guarida de Falcon y recuperar a Margalo.