Kyubi, le démon à neuf queues attaque le village de Koncha. Minato, le quatrième Hokage, et sa femme Kushina, vont sacrifier leurs vies pour sauver le village. Avant de mourir, ils vont sceller une partie du Chakra du démon dans le corps de leur fils… Naruto, la légende est en marche ! Seize ans plus tard, Naruto et les ninjas de Koncha repoussent une attaque des membres ressuscités de l'Akatsuki. Tout le monde fête la victoire en famille, sauf Naruto. C'est alors que l'homme masqué apparait dans le village. Naruto part à sa recherche avec l'aide de Sakura mais ils se retrouvent pris au piège...