あれから25年。ボス・ベイビーは見た目も中身も“エリートビジネスマン”になり、兄ティムと繰り広げた大冒険の記憶 もなくしていた。 しかし、ベイビー社からやってきた〈ボス・レディ〉の指令により、ふたたび赤ちゃん姿に戻り、兄ティムと共に世界を救うミッションへと挑む──。