神とは、人間を守ってくれる存在ではなかったのか？あろうことか、ペルセウス（サム・ワーシントン）は、愛する家族を神に殺される―。時は古代ギリシャ世界。神の王であるゼウス（リーアム・ニーソン）を頂点に、神々が君臨していた時代。ゼウスは人間を創り、彼らからの崇拝と愛を糧に不老不死を保っていた。しかし、傲慢で自分の欲望を満たすためには何でもありの神々に、人間は反旗を翻すようになっていった。神と人間の争いは日常と化し、漁師を営むペルセウスの家族はそれに巻き込まれ、冥界の神ハデス（レイフ・ファインズ）に船ごと沈められたのだ。オリンポスの神殿では、人間と和解しようと主張する12神と、それを拒むゼウスが対立していた。そこへハデスが現れ、人間を懲らしめる時が来たと進言、その役を任せてくれと申し出る。弟のゼウスに冥界へと追いやられたことを恨むハデスには、密かな企みがあったのだが、怒りで我を失ったゼウスは、ハデスの提案に乗ってしまう。かねてより神々を侮辱していたアルゴス国の国王と王妃の前に出現したハデスは、10日後の日蝕の日に海の魔物にして、無限大の大きさを誇るクラーケンを放ち、都を滅ぼすと宣言する。ただし、王女アンドロメダを生け贄に差し出せば、破滅は逃れられると―。神々と互角に戦える男は、ひとりしかいない。神の血を引くペルセウスだ。ペルセウスは、家族の仇を討つために立ち上がる。あくまで人間として。世界の存亡をかけた戦いの行方は―？