Na de ongelooflijke gebeurtenissen in het eerste seizoen rondom de ontsnapte seriemoordenaar Joe Carroll - de ontvoering van Carroll’s zoon door volger Emma, Carroll’s ontsnapping uit de gevangenis, en de reünie van Carroll met zijn ex-vrouw Claire - ontdekt voormalig FBI-agent Ryan Hardy (Kevin Bacon) samen met zijn team de omvang van Carroll’s sekte en de plannen die Carroll in petto heeft. Hardy probeert wanhopig om Carroll te stoppen voordat het tot een dodelijke climax komt. In de finale van het eerste seizoen komen Ryan en Carroll oog in oog te staan, wat uiteindelijk de ondergang van Carroll betekent en waarbij Claire moet vechten voor haar leven. In het intense tweede seizoen van THE FOLLOWING werkt Hardy niet meer samen met de FBI, maar realiseert zich na een aantal bizarre incidenten, dat de bloederige moorden van Joe Carroll nog niet zijn gestopt.