Após escondidos do mundo humano, os irmãos tartaruga decidiram conquistar os corações dos nova-iorquinos e serem aceitos como adolescentes normais por meio de atos heroicos. Sua nova amiga, April O'Neil, os ajuda a enfrentar um misterioso sindicato do crime, envolvendo-se quando um exército de mutantes é jogado contra eles.