Michelangelo, Donatello, Leonardo e Rafael estão de volta para lutar contra vilões maiores e mais malvados, juntamente com April O'Neil e um novato: o aliado com máscara de jogador de hóquei, Casey Jones. Depois que o supervilão Destruidor fugiu da prisão, ele se junta a dois capangas idiotas, Bebop e Rocksteady, para desencadear um plano diabólico para dominar o mundo. À medida que as tartarugas se preparam para enfrentar Shredder e sua nova turma, eles se veem diante de uma ameaça ainda maior, com intenções semelhantes: o famigerado Krang.