Efter en atomubåd på mystisk vis synker på en fjerntliggende del af havbunden, bliver et hold af dykkere fra en boreplatform presset til at deltage i den amerikanske flådes redningsoperation. Da en orkan afbryder kontakten mellem overfladen og de undersøiske dybder, begynder besætningen at se tegn på en mærkelig, muligvis fremmed intelligens. Bud Brigman (Ed Harris) skændes med sin ekskone og chef (Mary Elizabeth Mastrantonio), mens chefen for Navy SEAL's begynder at blive mere og mere paranoid omkring den mystiske fremmede livsform og truer med at bruge et atomvåben til at ødelægge alt.