Legenderne Godzilla og Kong er de to stærkeste naturkræfter, og nu støder de sammen i alle tiders kamp. Mens Monarch begiver sig på en farlig mission i fantastisk og uudforsket område for at afsløre kæmpernes oprindelse, truer en menneskelig sammensværgelse med at udslette disse væsner fra jorden for altid – både den gode og den onde.