Tidligt i det 17. århundredes Japan bliver en mand til hest taget til fange efter en kamp mod en gruppe samuraier. Knap 400 år senere kommer reporteren April O’Neil hjem fra et loppemarked med gaver til sine skildpaddevenner. Mest trivielle ting, men mentoren Splinter får et gammel japansk scepter. Scepteret viser sig at have magiske kræfter, og pludselig befinder vore helte sig i samuraiernes Japan, hvor de havner midt i en krig mellem rivaliserende lensherrer.