2027. Ein Jahr nach dem Vierten Weltkrieg ist die politische Lage in Japan noch immer äußerst instabil. Regierung und Industrie konkurrieren mit allen ihnen zur Verfügung stehenden Mitteln um die Kontrolle über das Militär. Als dann nahezu zeitgleich die Handelsbotschaft von abtrünnigen Soldaten besetzt und ein Bombenanschlag auf das Regierungsoberhaupt verübt wird, droht die Lage zu eskalieren. Um Kompetenzgerangel mit anderen Behörden zu vermeiden, heuert Daisuke Aramaki, Chef der Inneren Sicherheit, Motoko Kusanagis unabhängige Spezialeinheit an. Bei ihren Ermittlungen stoßen Kusanagi und ihr Team auf eine Cyber-Verschwörung ungeheuren Ausmaßes, die nicht nur Japan, sondern womöglich die ganze Welt bedroht…