Falling Skies åpner i det kaotiske kjølvannet av et romvesenangrep som har etterlatt det meste av verden helt handlingslammet. I løpet av de seks månedene siden den førstye invasjonen, har de få overlevende gått sammen utenfor store byer for å begynne den vanskelige oppgaven med å kjempe tilbake. Hver dag er en overlevelsesprøve idet borgervernerne jobber for å beskytte folkene sine, samtidig som de driver en opprørskampanje mot den okkuperende romvesenstyrken.