In een geheime vesting boven op een berg bevindt zich de League of Shadows met z'n onbevreesde leider, Ra’s al Ghul. Samen met z'n al net zo gevaarlijke dochter Talia heeft hij de leiding over een ervaren leger sluipmoordenaars dat hij wil gebruiken om de wereld over te nemen. Maar door verzet vanuit de League zelf komt de machtsbalans in het gedrang en ziet Talia zich gedwongen met haar zoontje Damian te vluchten naar Gotham City. Omdat ze op de hielen gezeten wordt door de sluipmoordenaars zoekt Talia bescherming bij de man die niet weet dat hij de vader van de jongen is, Batman. Met z'n zoon op sleeptouw gaat Batman de strijd aan tegen de slechterik, Deathstroke, en de League of Shadows, terwijl hij de koppige jongen leert dat je misdaad niet kunt bestrijden door misdadiger te worden. Met de hulp van de andere helden van Gotham, waaronder commissaris Gordon en Nightwing, zal Batman er snel genoeg achter komen dat z'n zoon en trouwste bondgenoot één en dezelfde zijn!