Manchester By the Sea vertelt het verhaal van Lee Chandler (Casey Affleck), nadat zijn oudere broer Joe (Kyle Chandler) plotseling komt te overlijden krijgt hij de voogdij over zijn zijn neef (Lucas Hedges). Lee keert met tegenzin terug naar zijn geboortegrond en de gemeenschap waar hij is opgegroeid, Manchester-by-the-Sea, hier wordt Lee geconfronteerd met zijn verleden waardoor hij gescheiden is van Randi (Michelle Williams).