Angie Harmon en Sasha Alexander zijn terug voor de start van een derde explosieve seizoen van Rizzoli & Isles. Toen het razend populaire tweede seizoen eindigde, beschoot Jane Maura’s vervreemde vader, misdaadchef Paddy Doyle (John Doman), toen hij Maura tegen een aanvaller probeerde te verdedigen - een incident dat de twee vriendinnen en collega’s uit elkaar dreef. Jane en Maura zullen hun uiterste best doen om hun grieven opzij te schuiven als ze een aantal complexe en onrustwekkende misdaden onderzoeken, zoals de moord op een studente, een moordenaar die op het transitsysteem naar prooien zoekt en de brutale moord op twee jonge, dakloze veteranen. Brian Goodman vervoegt de cast dit seizoen als vaste waarde en kruipt in de huid van hoofdinspecteur Sean Cavanaugh die met zijn kennis van de marginale achterbuurten van Boston en zijn voorgeschiedenis als detectieve de ideale keuze was om hoofd van de afdeling moordzaken te zijn.