Het is weer een heerlijk ontspannend dagje voor het dubieuze duo Tom en Jerry… tot ze de jonge spionnen van wereldformaat Jonny Quest, Hadji en Bandit tegenkomen. Als dr. Zin, de aartsvijand van de familie Quest, erachter komt dat dr. Benton Quest een apparaat heeft waarmee de energieproblemen van de wereld kunnen worden opgelost, stuurt hij z'n boosaardige kattenleger eropuit om het te stelen en hem en z'n bodyguard Race Bannon gevangen te nemen. Jonny en z'n nieuwe bonte vrienden ondernemen een gewaagde zoektocht om z'n vader te vinden en de wereld te redden! Het is geen geheim dat dit spionnenavontuur een superleuke missie is die het hele gezin moet accepteren.