18 meses después del Día 4... Jack Bauer ahora es un "muerto andante" que bajo el nombre de "Charles", trata de escapar de los sucesos de la temporada anterior... Pero David Palmer es asesinado. Jack sale al exterior para vengarse y encontrar una pista que Palmer le ha dejado... pista que lo lleva a una toma de rehenes en un aeropuerto, en el marco de un tratado internacional. Aún cuando la situación de rehenes es grave, el Presidente Charles Logan no va a ceder. Y su mujer y Primera Dama, Martha, cree firmemente que hay una relación entre los ataques y la muerte de Palmer, aunque nadie le hace caso.Jack logra resolver la situación con ayuda de la UAT, pero un rehén se escapa y obtiene en el aeropuerto gas nervioso de clase militar. Jack es atacado por un infiltrado de la Casa Blanca en la UAT... por lo que trata de infiltrar a su vez el complejo presidencial y logra confrontar a Walt Cummings, el hombre que ordenó la "Muerte de Jack", y quien revela formar parte de una conspiración para detonar el gas nervioso en suelo ruso y promover la intervención de Estados Unidos. Sin embargo, los terroristas descubren y revierten el plan. Tras una prueba en terreno en un centro comercial, la cabeza tras los terroristas rusos, Vladimir Bierko, empieza a tomar acción.Jack sigue varias pistas que lo llevan hasta el contacto de Cummings, Nathanson, y de aquí a un viejo conocido y mentor, Cristopher Henderson, quien encabezó el desarrollo del gas nervioso. Mientras tanto, Bierko amenaza a Logan con liberar todo el gas nervioso si no se le permite asesinar al Presidente Ruso en suelo norteamericano. Logan no tiene más opción que acceder, aunque su esposa entra al sacrificio. La UAT logra a última hora dar aviso y Aaron Pierce protege a los mandatarios.La UAT es atacada con gas nervioso y apenas el 60% del personal sobrevive. Henderson logra escapar de la UAT, asesinando en el camino a Tony. Seguridad Nacional es asignado a tomar el control de la UAT tras una orden del Vicepresidente Hal Gardner. Karen Hayes y Miles Papazian son enviados por Seguridad Nacional para tomar el control de la UAT. Pero las cosas se ponen muy peligrosas cuando Bierko trata de liberar el gas restante en una planta de gas. La UAT logra detenerlo y Jack debe salir a buscar pruebas que terminen de incriminar a Henderson por medio de Wayne Palmer, quien encuentra otra fuga de información en la Casa Blanca. Jack y Wayne unen fuerzas para recuberar la grabación de una conversación... entre el Presidente Logan y Henderson.Sin más colaboración de la UAT, Jack debe combatir por sí solo al Presidente y todos sus recursos, y aunque recibe ayuda de vez en cuando, incluso del Secretario Heller, Jack se ve obligado a secuestrar un avión para recuperar la evidencia. Unos hombres misteriosos dirigen a Logan, para que logre la eliminación de Jack y la grabación mientras Logan controla a su esposa. Aaron desaparece sin dejar rastro. La Primera Dama ya empieza a sospechar. La UAT logra arrestar a Henderson. Jack logra hacerse de la prueba pero Miles Papazian, ayudante de Karen Hayes, se alía con Logan y destruye la prueba. Bierko se escapa de un transporte a División, y se hace con el control de un submarino ruso. Jack y Henderson se introducen en el submarino y confrontan a los hombres de Bierko, mientras Martha y Novick planean la caída de Logan. Jack elimina a Bierko, y luego a Henderson, cuando éste trata de traicionarlo nuevamente.Posteriormente Jack se infiltra en el Air Navy One para capturar a Logan y con ayuda de Chloe prepara una confesión en audio. Jack no logra obtener la confesión y es capturado por el Servicio Secreto. Logan confronta a Martha, reconociendo que los crímenes que ayudó a cometer, "fueron por el bien del país". Luego da su discurso de despedida al cuerpo de Palmer y entonces es arrestado por órdenes del Fiscal General quien ha recibido por un transmisor en las ropas de Logan, la confesión que le hizo a Martha.Jack se encuentra con Audrey, no pueden creer que