Oltuaan vuosia suojassa ihmisten maailmalta kilpikonnaveljekset lähtevät valloittamaan newyorkilaisten sydämiä haluten tulla hyväksytyiksi normaaleina teineinä sankaritekojen avulla. Uusi ystävä April O'Neil auttaa heitä taistelussa salaperäistä rikollisjärjestöä vastaan, mutta pian he joutuvat hankalaan tilanteeseen saadessaan vastaansa irti päästetyn mutanttiarmeijan.