Alice vient de passer plusieurs années à naviguer en haute mer sur les traces de son père. De retour à Londres, elle découvre un miroir magique qui lui permet de retourner au pays des merveilles et de retrouver ses amis. Elle y apprend que le Chapelier fou a perdu sa plussoyance. La reine Blanche l'envoie alors récupérer la chronosphère, un globe métallique qui fait tourner la Grande Horloge du Temps. Alice retourne dans le passé et entame une périlleuse course contre la montre afin de sauver le Chapelier sans briser le cours du temps.