Visionair regisseur Tim Burton komt met een magisch avontuur dat gebaseerd is op de gelijknamige bestseller. Als Jake een mysterie over alternatieve werkelijkheden onthult, ontdekt hij een geheime wereld voor "bijzondere kinderen" met bovennatuurlijke krachten. Maar Jake komt er al snel achter dat overal gevaar is en hij moet vaststellen wie te vertouwen is om zijn eigen identiteit ontmaskeren.