MMA-vechter Cole Young is gewend om klappen te krijgen voor geld, maar zich niet bewust van zijn erfgoed of waarom de keizer van Outworld Shang Tsung zijn beste krijger (Sub-Zero, een buitenaardse Cryomancer)) op pad heeft gestuurd om Cole op te sporen. Cole vreest voor de veiligheid van zijn gezin en gaat op aanwijzing van Jax, een majoor van de special forces met dezelfde drakenmarkering als Cole, op zoek naar Sonya Blade. Al snel komt hij terecht in de tempel van Lord Raiden, een Elder God en de beschermer van Earthrealm, die onderdak verleent aan degenen met dezelfde markering. Hier traint Cole met de ervaren krijgers Liu Kang, Kung Lao en de huurling Kano. Samen met hen bereidt hij zich voor op de confrontatie met Outworld in een gevecht om het universum. Maar lukt het Cole om op tijd zijn arcana te ontgrendelen (de immense kracht vanuit zijn ziel) om niet alleen zijn gezin te redden maar ook Outworld tegen te houden?