Året 2029, världen har blivit uppkopplad med ett stort elektroniskt nätverk som genomsyrar alla aspekter av livet. Samma nätverk blir också ett slagfält för Tokyos sektion 9 säkerhetsstyrka, som har till uppdrag att infånga mäster hackaren känd som Dockmästaren. Major Motoko Kusagani leder utredningen, hon är - som många av sina kollegor - en cyborg polis, mycket mer kraftfull än hennes mänskliga utseende antyder. Och medans Dockmästaren, som även kan hacka mänskliga hjärnor, lämnar efter sig ett av spår av offer som blivit rånade på sina minnen. Motoko börja fundera över sin egen existens: är hon en artificiell konstruktion, eller är det mer än så? Vad, exakt, är "vålnaden" - hennes väsen - i hennes cybernetiska "skal"?