DNAが遺伝子操作されたため死の危機に瀕したスカリー。モルダーは彼女のために必死に治療薬を捜し、その手助けをするのが政府側のエージェント、マイケル・クリッチガウだった。エイリアンが存在した証拠のねつ造に加担したクリッチガウはその罪滅ぼしとして協力を申し出たのだ。スカリーがエミリーという少女の母親であり、それが数年前にアブダクトされた事件と関わり合いがあることを突き止めたとき、彼女のDNAは再び活動を開始する。だが、最後にはエイリアンと人類のつながりを示す証拠が遺伝子に刻まれているギブソン・プライズ少年がX-ファイルに隠された謎の鍵を握っていることが判明する。