X-MENは世界最強のテレパス・プロフェッサーXが創設したミュータント組織である。人類とミュータントの両方を守るべく結成されたX-MENだったが、一年前の秘密結社「インナーサークル」との戦闘でメンバーのジーン・グレイが死亡し、それ以来活動休止となっていた。 そんな中、日本の東北に住むミュータントの中学生が行方不明となり、プロフェッサーXのもとへ助けを求める連絡が入る。今回の失踪事件の裏にミュータントに関るさらに大きな事件の予兆を感じ取ったXは、各地に散らばっていたX-MENメンバーを召集。一年ぶりにX-MENが再結成する。