タイムズ・スクエアの路上で発見された、不審なボストン・バックから出てきたのは全身をタトゥーに覆われ記憶を亡くした謎の女性＝ジェーン・ドウ。その背中のタトゥーにはFBI捜査官カート・ウェラーの名前が彫られていた。この事件をきっかけに、FBI捜査に協力することになったジェーンは多数の言語を操り、高度な戦闘技術をもつ人間兵器だった。ファースト・シーズンの最後でカートに逮捕され、その後CIAに身柄を拘束されたジェーン。セカンド・シーズンでは、背中にカートのタトゥーが彫られた理由についてブラック・サイトで拷問を受けるところから始まる。辛い拷問にも耐え、危機的状況からなんとか脱出したジェーン。彼女が消えたことは、NSAの極秘部門「ゼロ・ディヴィジョン」に所属するナズ・カマルによってカートたちに知らされる。6年前から国内のテロ事件を調べていたカマルはジェーンたちの組織を「サンドストーム」と名付け、ひそかに捜査を続けていた……。そして、ついに彼女の正体が明らかになるー。