ブルース・ウェイン（クリスチャン・ベール）の頭から片時も離れることがないのは、眼前で最愛の両親を射殺された忌まわしい記憶。ゴッサム・シティーの路上で起きたその事件以来、ブルースの人生は一変したのであった。のしかかる罪悪感と怒り、日増しに膨れ上がる復讐心、両親が教えてくれた博愛の精神を受け継がなければならないという使命感。さまざまな思いをかかえた失意の御曹司ブルースは何不自由ない生活を捨て去り、ゴッサム・シティーを離れ、世界中を放浪するようになる。犯罪者の心理を知るために自ら罪人となったブルースの前にヘンリー・デュカード（リーアム・ニーソン）が現れる。“影の軍団”を率いるラーズ・アル・グール（渡辺謙）の代理人と称するこの男は、ブルースの秘めたる資質を見出し、“影の軍団”へとスカウトする。デュカードの指導の下、悪を倒し、恐怖心に打ち勝つ術を見つけるために、心身を極限まで鍛え上げるブルース。だが、永い修行を終えると同時に“影の軍団”の真の目的を知り、組織を離れることを決意する。7年ぶりにゴッサム・シティーへと戻ったブルースは、犯罪と不正にまみれた街の現状を目の当たりにする。ウェイン家が慈善事業の拠点としていたウェイン・エンタープライズですら、会社の利益のみを追求する社長代理リチャード・アール（ルトガー・ハウアー）が牛耳り、ブルースの両親が掲げていた尊い理念は消えていた。ブルースの幼馴染で今では地方検事のレイチェル・ドーズ（ケイティ・ホームズ）は、ゴッサム・シティーにのさばる凶悪犯に手を焼いていた。犯罪組織のトップに君臨するカーマイン・ファルコーネ（トム・ウィルキンソン）らの仕業によって、この街の司法制度は腐敗しきり、法の力は無に近い状態だった。さらにファルコーネは精神科医ジョナサン・クレイン（キリアン・マーフィー）を懐柔し、係争中もしくは収監中の手下を心神喪失と鑑定させ解放し、一方のクレインもその見返りを受け、自らの野望を達成すべく、着々と準備を進めるのだった。ブルースは忠実な執事アルフレッド（マイケル・ケイン）、善良な警察官ジム・ゴードン（ゲイリー・オールドマン）、科学者ルーシャス・フォックス（モーガン・フリーマン）らの協力を得て、「もうひとりの自分」を解き放つ。それは正義を全うすべく揺らぐことのない信念と強靭な肉体を漆黒のスーツに包み、恐怖を敵の心に植えつける闇の騎士“バットマン”だった。