魔法使いのニュート・スキャマンダーは、優秀だけどおっちょこちょい、そして魔法動物をこよなく愛する変わり者──。世界中を旅しては魔法動物を集め、不思議なトランクに詰め込んでいる。ある時ニュートは、旅の途中でニューヨークへ立ち寄ったが、そこでひょんなことから自分のトランクが普通の人間のトランクと入れ替わってしまう！トランクの中から魔法動物たちは逃げ出してしまい、ニューヨーク中を巻き込む大騒動に！そこで出会う仲間たちや奇想天外な魔法動物とともに、ニュートの新しい冒険が始まる！